โปเกมอนเทรนเนอร์ที่เราคุ้นเคยอย่าง ซาโตชิ และผองเพื่อน ได้รับคำเชิญจากเทรนเนอร์ปริศนาที่บอกว่าตนเองเก่งที่สุดในโลก ทว่าการไปพบเจ้าภาพงานกลับทำให้เทรนเนอร์ดาวรุ่งทั้งหลายต้องตกอยู่ในอันตรายเพราะผู้เชิญคือ มิวทู โปเกมอนจากการวิจัยที่แข็งแกร่งที่สุดในโลกผู้ต้องการล้างแค้นมนุษย์ทุกคนบนโลกใบนี้